O SAAE opera o Sistema de Coleta e Tratamento de Esgotos, composto por Estação de Tratamento de Esgoto (ETE) em sistema de lagoas e 11 elevatórias, das quais apenas três estão em funcionamento, as do Conjunto Santa Maria Madalena, Bairro Roberto Correia de Araujo e do Conjunto Sagrada Famiília. O sistema está em obras de ampliação.

As obras de ampliação estão sendo executadas pelo Governo do Estado, através da Secretaria de Infraestrutura, e compreendem a expansão das redes de coleta dos bairros Roberto Correia de Araújo e Sagrada Família, onde também está previsto a construção de estação elevatória.

Objetivando evitar os constantes entupimentos das redes coletoras de esgotos, o SAAE orienta que o usuário nunca deve fazer a ligação das águas das chuvas à rede de esgoto. Isso vai sobrecarregar o sistema de bombeamento do esgoto por parte do SAAE e pode causar retorno do esgoto para as residências durante o período de chuvas